Es el órgano permanente del Consorcio. Junto con el Consejo General constituyen los órganos colegiados, asumiendo las funciones de deliberación, decisión y ejecución previstas en los Estatutos. Se compone de 9 miembros: 5 del Gobierno Vasco, 1 de la Diputación Foral de Bizkaia, 1 del Ayuntamiento de Bilbao y 2 representantes de dos de los municipios representados en el Consejo General. Es también miembro de la Comisión Ejecutiva el Secretario General y asisten también a sus sesiones el Director Gerente del Consorcio y el Interventor de Fondos.
Composición actual de la Comisión Ejecutiva